医药生物技术研究所是国家重点药物研究与教学单位，研究所的微生物与生化药学专业为 教育部国家重点学科，2006年获得教育部创新团队。学科的主要研究方向是微生物与生物技术相关的重大疾病防治药物，包括抗感染、抗肿瘤、抗病毒、抗代谢综合征药物和生理活性物质。研究领域涵盖了基因工程、细胞工程、酶工程、微生物代谢工程、生物反应器和传感器、化学生物学、药物化学、药物分子筛选模型、微生物药用资源与信息学、药物基因组学、分子药理学、药代动力学等研究。应用微生物资源和高新生物技术，推进药用微生物学、生物化学、分子生物学、功能基因组学、蛋白质组学，天然产物、合成化学，以及分子肿瘤学、分子病毒学、细菌耐药机理等基础理论在本学科的综合应用。
在研究生培养中，注重学生的基础理论、实验技术和独立研究能力的培养，为国家输送微生物与生化药学高级研究人才。微生物与生化药学学科点拥有综合的和良好的科研与教学实验基础，承担北京协和医学院药学、药理学、生物工程、医药生物技术等教学任务。目前研究所设有卫生部抗生素基因工程重点实验室，科技部新药（微生物）筛选实验室，国家药用微生物资源共享平台、新抗感染抗炎药物高效筛选技术平台、新抗癌药物临床前药效学评价平台、新抗生素临床前药代动力学评价平台，建立了抗病毒药物药效评价平台，与美国维特（Vertex）制药公司组建了Vertex-IMB抗结核联盟，共同进行抗结核药物的研发。为有效解决病原微生物日益严重的耐药性和新发传染病治疗问题，研究所专家提出了新的抗感染药物全新思路，在Bill& Melinda Gates基金会和NIH“全球重大卫生挑战计划（Grand Challenges in Global Health）”的全球招聘中，获得重大专项资助。研究所的学科建设和发展使研究生有大量机会参与国内外重大课题项目的研究，为研究生优良科研素质的培养提供了坚实基础和条件。
本学科点自上世纪六十年代起开始研究生培养，已培养毕业博士生159人，硕士生268人。目前在读博士研究生71名，硕士研究生56名。本专业学科研究生刘小云博士（指导教师：甄永苏研究员、中国工程院院士）,李建农和孔维佳（指导教师：蒋建东研究员、长江学者奖励计划特聘教授）的学位论文分别于2002年、2005年和2007年被评为“全国优秀博士学位论文”；孔维佳博士的学位论文在Nature Medicine杂志发表，并被评为2005年我国10大医药科技进展之一；2000年至2006年，有四位博士的研究论文在美国AACR(American Association for Cancer Research)学术年会上获得优秀青年学者奖。
研究所现有人员283人，其中专职教师及研究人员200余人，中国工程院院士1人, 教育部长江学者奖励计划特聘教授2人，国家杰出青年研究基金获得者4人，新世纪百千万人才工程国家级人选2人。现有博士生导师11人，硕士生导师17人。近年来，有一批优秀的中青年科研与教学人员从美国，欧洲，日本来所工作，承担培养研究生的任务，并主持各类国家级重要研究课题。
